Nesse tempo o mito japonês, só a luz pálida das estrelas iluminava a terra, uma vez que o Sol e a Lua ainda não tinham nascido. Acerca das primeiras gerações de deuses nascidos do magma viscoso, não há muito a dizer.
Nas Altas Planícies Celestes, as gerações divinas sucedem-se, aparecem e desaparecem no nada, sem que ninguém saiba porquê. Por fim, após sete gerações de deuses, aparece o primeiro casal divino que não se esconde, Izanagi e Izanami. A criação do mundo pode então começar.
A terra assemelha-se ainda a uma mancha de óleo ou a uma medusa a flutuar no oceano primordial. Para que a vida nela apareça, é necessário consolidá-la. Os deuses invisíveis confiam esta tarefa a Izanagi e Izanami, dando-lhes, para isso, uma enorme lança ricamente decorada.
Em pé sobre a ponte flutuante do céu, Izanagi e Izanami mexem o oceano com a sua lança ornada de pedras preciosas e, depois, puxam-na para fora de água. Algumas gotas soltam-se dela e, ao caírem no oceano, transformam-se em uma ilha, Onogoro, o primeiro arquipélago do Japão.
O Homem-que-convida e a Mulher-que-convida, ou o divino protocolo
O Homem-que-convida e a Mulher-que-convida, significado de «Izanagi» e «Izanami», encontram esse lugar aprazível e decidem fundar aí o seu lar para engendrarem outras ilhas. Começam por erguer «um augusto pilar celeste» e um grande palácio. Em seguida, Izanami, fascinada pela beleza e força de Izanagi, pede-o em casamento.
Izanagi aceita e procedem ao seguinte ritual: Izanagi contorna o pilar pela esquerda, enquanto que Izanami o contorna pela direita. Quando ela encontra Izanagi, grita:
«Que jovem tão bonito!» As divindades ficam extremamente contrariadas, pois a mulher não deve falar antes do homem, e, para punir Izanami, fazem-na dar à luz uma criança disforme, uma criança-sanguessuga, que os pais abandonam ao sabor das ondas um uma barca de junco.
O casal recomeça então o ritual, desta vez de acordo com as regras, e Izanami dá à luz as Oyashima (o Grande País das Oito Ilhas, ou seja, o arquipélago nipônico), bem como numerosos deuses: os kami do vento, das montanhas, das árvores, etc. A infeliz Izanami é mortalmente queimada ao dar à luz Kagutsuchi, o deus do Fogo.
No entanto, durante a sua agonia, consegue dar origem a muitos outros deuses antes de soltar o último suspiro. Indignado, Izanagi apressa-se a cortar a cabeça do bebé Kagutsuchi, e das gotas do seu sangue que salpicam os rochedos nascem muitas outras divindades, fortes e viris.
Viagem à terra das raízes da mito japonês
Inconsolável, Izanagi resolve ir à região de Yomi, a terra dos mortos, «o misterioso país das raízes», ainda sem habitantes nesses tempos longínquos, para suplicar a Izanami que volte para junto de si. O mito japonês apresenta aqui semelhanças com o mito de Perséfone e o de Orfeu e Eurídice.
A jovem responde-lhe que não pode regressar ao mundo dos vivos porque ingeriu comida de Yomi, que interdita esse regresso. No entanto, como o domínio dos mortos estava mergulhado nas trevas, Izanagi apodera-se do pente da sua esposa adormecida para o acender como uma tocha e olhara sua bela mulher.
Apercebe-se então que tem debaixo dos olhos um cadáver decomposto, com o corpo carcomido por larvas. Horrorizado, foge e tapa a entrada de Yomi com uma enorme rocha, sem se impressionar com os monstros (mito japonês) que Izanami lança em sua perseguição nem com as ameaças terríveis que ela profere do interior, «Porque fizeste isso? Retira imediatamente esta rocha, ou matarei mil homens por dia.» Ao que Izanagi responde: «E eu criarei mil e quinhentos homens todos os dias!»
A partir desse momento, Izanami passou a reinar sobre o mundo dos mortos com o nome de Yomotsu-ô-kami, e é desde essa altura que os homens são mortais. Izanagi, sentindo-se sujo pelo seu contacto com o cadáver, resolve banhar-se em um rio.
À medida que lança à água as suas roupas e o seu bastão, nascem novos deuses. Decide então partilhar o universo entre os seus três filhos mais gloriosos, criados no momento em que lavava o rosto. Amaterasu (kami do Sol), nascido do seu olho esquerdo. Tsukiyomi (kami da Lua), nascido do seu olho direito, e Susanoo (kami tufão), nascido do seu nariz. Torna-se assim o pai dos grandes deuses.